一般來說，初級農產品有兩類銷售渠道，一種是直接進入商貿企業、農貿批發市場，再對外銷售；另一種是進入各類食品、副食品加工廠，經過加工再對外銷售，此類情況又分為加工後依然屬於農產品及加工後屬於非農產品。一般納稅人在購買農產品並抵扣進項稅額時，需要根據所購農產品用途，具體區分需要取得的憑證型別。
食品加工廠購進農產品，用於生產銷售農產品時，需要根據上游主體的具體情況，區分抵扣憑證和可抵扣的進項稅額。如果上游為可以享受增值稅免稅優惠的主體(不包括批發零售環節免稅及小規模納稅人增值稅免稅優惠)，食品加工廠應以農產品買價和9%的扣除率，計算進項稅額；如果上游為不能享受增值稅免稅優惠的小規模納稅人，食品加工廠應以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率，計算進項稅額；如果上游為不能享受增值稅免稅優惠的一般納稅人，食品加工廠應根據增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅稅額，確定進項稅額。
案例1a食品加工廠(為增值稅一般納稅人)從甲公司(為增值稅小規模納稅人)處購買蘋果。甲公司放棄現行的小規模納稅人3%徵收率免徵增值稅政策，向a食品加工廠開具了增值稅專用發票，專用發票票面金額3000元，註明的稅額為90元，價稅合計3090元。那麼，a食品加工廠可以抵扣進項稅額3000×9%=270(元)。
需要注意的是，從小規模納稅人處購進農產品時，納稅人應根據取得增值稅專用發票情況，填寫《增值稅及附加稅費申報表附列資料(二)》(本期進項稅額明細)的第6欄「農產品收購發票或者銷售發票」，該行次的「稅額」欄金額，按照如下方法計算：農產品銷售發票或者收購發票上註明的農產品買價×9%+增值稅專用發票上註明的金額×9%。據此，a食品加工廠應在該行次的金額欄填寫3000元，稅額欄填寫270元。
特殊情況下，納稅人購進農產品，用於生產銷售或委託受託加工稅率為13%的貨物，根據《財政部 稅務總局關於簡併增值稅稅率有關政策的通知》(財稅〔2017〕37號)和《財政部 稅務總局 海關總署關於深化增值稅改革有關政策的公告》(財政部 稅務總局 海關總署公告2023年第39號)規定，按照10%的扣除率計算進項稅額。
案例2b公司是生產水果罐頭的加工企業，為增值稅一般納稅人，從農民王先生處購買其種植的黃桃，買價為1萬元，全部投入生產黃桃罐頭。那麼，b公司在進項稅額抵扣時，可以按10%的扣除率計算進項稅額，即可抵扣進項稅額10000×10%=1000(元)。
本例中，b公司如果是從黃桃批發企業乙公司(為增值稅一般納稅人)處購入黃桃，取得乙公司開具的增值稅專用發票註明金額為1萬元，稅額為900元，價稅合計為10900元，則b公司按照10%的扣除率計算進項稅額，即可抵扣10000×10%=1000(元)。
需要說明的是，b公司在填寫《增值稅及附加稅費申報表(一般納稅人適用)》時，應在《增值稅及附加稅費申報表附列資料(二)》(本期進項稅額明細)中的第8a欄「加計扣除農產品進項稅額」內填寫100元。
需要強調的是，不論農產品銷售方為一般納稅人、小規模納稅人還是自然人，只要其享受增值稅免稅優惠，那麼，對加工廠來說，取得的增值稅普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證，也不得作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。
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