在公元881年（唐中和元年），黄巢领导农民起义军攻占了长安，建立了大齐政权，年号金统。
经过六年的征战，黄巢军终于攻下了东都洛阳，下一步的目标是进军关中，攻占长安。在长安，唐僖宗惊慌失措，与几位宰相相对而泣。宦官田令孜建议唐僖宗派遣自己守卫潼关并逃亡蜀地。
然而，田令孜并未亲自前往潼关，而是雇佣商贩和平民代替军队守卫潼关，并只给他们三天的口粮。
黄巢率领起义军直扑潼关，经过六天的激战，由于食物短缺，潼关守军士气低落，最终战败。起义军攻陷了潼关，继续向灞上进军（今陕西西安市东）。唐僖宗与田令孜撇下众臣逃往四川成都。
公元881年，黄巢军进入长安，士兵们严整有序，对百姓毫无伤害，并向贫民散发财物，受到百姓的欢迎。黄巢称帝，建立大齐政权，定国号为金统。
在黄巢称帝后，他发布了一项命令，下放原职为四品以下的**继续留用，而高于四品的**则被罢免。黄巢军主要由贫苦农民组成，他们憎恨权贵阶层，于是开始发泄不满情绪，找到出身权贵的世族子弟后全部杀掉。唐朝的高级**多出身于关陇贵族，这次**后，关陇贵族彻底被消灭，自东汉以来世家大族掌握朝政的局面也终结了。
黄巢军占领长安后，并没有继续追击唐僖宗，这给了唐军喘息的机会。唐僖宗在成都诏命各藩镇节度使组织兵力共同对付黄巢。各藩镇节度使纷纷响应，组织兵力，“同盟起兵，传檄天下”。原本摇摆不定的藩镇也加入进来，沙陀族将领李克用也率军援助朝廷。
面对朝廷的围剿，黄巢任命朱温为东南面行营都虞侯，率军攻占邓州，以阻止湖北一带的官军北上。接着，他派遣尚让率军进攻凤翔，以坚守长安的西门。朱温成功完成任务，击败了从湖北地区北上的北伐军。然而尚让骄傲轻敌，最终中了埋伏，溃败而归。
部分唐军从西部逼近长安，黄巢误以为大军已至，急急率军东逃。唐军进入长安，但黄巢在灞上听说唐军进入长安后，突然转身杀回马枪。唐军遭遇重创，黄巢重新夺回了长安。
然而，黄巢这次轻易的逃跑行为产生了不良影响。他任命的同州、华州和商州刺史听闻黄巢逃跑后纷纷弃城逃跑。随后，黄巢不得不派遣朱温再次攻打同州。公元882年（中和二年），各藩镇的军队向长安发起进攻，黄巢军多次在陕西各地击败唐军。然而，黄巢军面临两个致命的问题：食粮短缺和许多将领接受朝廷的招安。朱温驻扎在同州时多次战败，他担心黄巢将对他治罪，于是投降了唐军。
在与沙陀族将领李克用的战斗中，黄巢军多次战败，产生了畏敌心理。黄巢认为如果再留在长安，相当于等死，于是带领军队向东逃亡。此时，黄巢军人数约有15万，准备经由河南进入山东。
公元883年（中和三年），黄巢军在进入山东的过程中攻占了蔡州，接着又攻下陈州。然而陈州刺史早有准备，使双方陷入僵持状态，这一局面持续了一年。黄巢这是犯下的最大错误，唐军得以有充分的时间集结力量对付黄巢军，而黄巢军在围城战中粮食匮乏，甚至被迫吃人肉。
公元884年（中和四年），围绕陈州的黄巢军被唐军击败，朱温等人也率众投降了唐军。黄巢带着少数人逃往山东，在与李克用交战的过程中多次战败后，在泰山自杀，当时只是受伤未死，他的外甥林言却补了一刀，并割下了他的头颅。
一代枭雄，就此陨落。至此，黄巢起义结束。