孔丘名字的由来有两种可能性：一是根据出生地尼丘山来起名；二是根据头部形状圩顶来起名。这两种说法都符合先秦时代的命名原则，也都有史料的佐证。
一，孔子的出生地和家族背景。
孔子生于鲁国陬邑（今山东省曲阜市），祖先为宋国人，是宋国公族的后裔。孔子的父亲叫孔叔梁纥，是鲁国大夫，曾任司寇（相当于法官）。孔子的母亲叫颜征在，是鲁国颜氏的女儿，也是鲁国大夫颜回的姐姐。
据《史记·孔子世家》记载，颜征在怀孕时曾经向尼丘山祈祷求子，后来在尼丘山下生下了孔子。尼丘山是一座位于陬邑西南方向的小山，山顶略有凹陷，类似于一个坑。 孔子出生后，家中兄弟二人，排行第二，所以其父为其取名为孔丘，字仲尼。后人为避讳孔子名中的丘字，简称为尼山。 这个属于根据出生地来起名。
二，孔子的头部形状和先秦时代的命名原则。
史记·孔子世家》中还有另一种说法，孔子“生而首上圩顶（即凹顶），故因名曰丘云”。 也就是说，孔子之所以名丘、字仲尼，是因为“生而首上圩顶”，即得名于出生后的生理特征（头部）。 这个属于根据生理特征来起名。
先秦时代的命名原则有以下几种：
根据出生地或居住地来起名，如韩非、荀况、墨翟等。
根据出生时间或节气来起名，如春申君、冬姬、夏侯婴等。
根据出生时的天象或祥瑞来起名，如晋文公（因为出生时有日食）、赵奢（因为出生时有彗星）、魏斯（因为出生时有白虎现身）等。
根据出生后的生理特征或性格特点来起名，如商纣王（因为头上有红毛）、晋惠公（因为眉毛很浓）、齐桓公（因为腰间有痣）等。
根据父母或祖先的姓名或字来起名，如魏文侯（因为父亲叫文）、赵武灵王（因为祖父叫武）、楚庄王（因为祖父叫庄）等。
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