康熙帝除掉鳌拜，朝廷里一些骄横的大臣知道了这个年轻皇帝的厉害，就不敢在他面前放肆了。但是，南方的三个藩王却成了康熙帝的一块心病。这三个藩王是投降清朝的明军将领，一个是引清兵入关的吴三桂，一个是尚可喜，一个是耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军有功，清廷便封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州。尚可喜为平南王，驻防广东。耿仲明为靖南王，驻防福建，合起来叫作“三藩”。三藩之中，数吴三桂势力最大。
平定吴三桂之乱：吴三桂、尚可喜、耿继茂(死后由其子耿精忠继王爵)这三个藩王，是清朝的开国功臣，曾为清朝入关及统一全国发挥了举足轻重的作用。但是，随着势力的扩大，权力的增大，他们的个人野心也越发膨胀。到康熙帝继位时，三藩已成了朝廷的祸患，他们尾大不掉，割据一方，与**相抗衡，其中以吴三桂的实力最强。国家全部钱粮大半耗于三藩。三藩还在自己的独立王国里设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。吴三桂还自行选派**，称为“西选”。清廷对待三藩，采取笼络策略，公主下嫁，加以安抚。吴三桂子应熊娶顺治帝之妹和硕长公主，赐府第，居京师。尚氏的之隆、之孝，耿氏的昭忠、聚忠，也都各为额驸。
这样一来，便出现了一个清廷原先没有料到的结果，就是京师同藩地之间的信使往来，朝廷中的机要信息，很快就会传到三藩。而且，三藩之间也相互联姻，使彼此的利害联结在一起。三藩问题已经成为清王朝对全国实行有效统治的一大毒瘤，其解决办法已经在康熙帝的脑海中日渐成熟。首先，康熙帝对三藩的势力逐步削弱、限制。比如，在康熙二年(2023年)收缴了吴三桂的大将军印；从康熙四年(1665)开始，将吴三桂部下的兵丁及兵饷分别予以裁减；对三藩及其属下人仗势欺压百姓、为害地方的事件予以警告和惩处；解除藩王管理地方民事的职权，而且不准藩王属下人员担任总督、巡抚等地方大吏；委派康熙帝的心腹之臣到藩王所在地区担任总督、巡抚，以事牵制。
康熙帝在解决三藩问题时，很注意策略。他采取了坚决的态度，运用灵活的手段，不失时机地予以解决。康熙帝毅然地抓住时机，先发制人。当三藩起兵反叛时，康熙帝毫不动摇，派大兵前去平叛。集中打击吴三桂，对另外两个藩王则有打有拉。政治、军事交相为用，终将三藩之乱平定。
康熙十二年(2023年)三月，尚可喜因家庭内部矛盾，上疏请求归辽东养老；当时，其长子尚之信失去父亲尚可喜的欢心，尚可喜要废除尚之信的爵位继承权，而要让另一个儿子尚之孝继承藩王爵位，于是，尚可喜上书康熙帝请求回辽东故乡养老，留下尚之信在广东留守，想乘回乡之机，见康熙帝表明传爵位给尚之孝的意愿。
朝廷大臣们研究后认为，尚之信率重兵留守广东，骄横跋扈，难以制伏，于是，请求康熙帝下令尚可喜全家回辽东。七月，下令靖南王耿精忠率领属下军队进京听候调用。同时，下令平西王吴三桂调往山海关外驻扎。耿精忠、吴三桂听到撤销广东藩王的消息后，也同时上奏章请求调换自己的驻地，以此试探朝廷的动向。康熙帝决定把握这次机会，于是力排众议，决意撤藩，强化皇权。他认为：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”
撤藩令一下，吴三桂便撕下了伪面具。当时，侍郎哲可肯等人奉命办理撤藩，在云南催促甚急。吴三桂于是召集众将官开会，说：“现在动身的日子迫近了。朝廷的严令是不可能逃避的。只是咱们已死的从前的皇上永历皇帝的坟墓在这里，能不去告个别吗？”众将官都给吴三桂叩头，并请他下命令。于是，吴三桂选定日期去拜谒南明永历皇帝的陵墓。在去谒陵之前，吴三桂又召集众将官，说道：“同以前的皇帝告别，应该穿前朝的衣服去朝见，诸位要提前预备好。”众将官齐声答应：“好。”到了谒陵那天，众将官都穿上了明朝汉族的官服，齐集陵前。吴三桂头戴方巾、身穿白袍，祭酒之后，跪在地上叩头痛哭，不肯起身。官兵们都哭了，哭声如雷。其实吴三桂是挂羊头卖狗肉，当初南明永历皇帝就是被他抓获给勒死的。恢复旧衣冠只是他煽动人心的一个噱头。
当到了动身离开云南的时候，吴三桂又说自己生病不能起床。巡抚朱国治催他尽快启程。吴三桂躺在床上硬是不答应。他用言语激众将：“我老头子同你们诸位给朝廷立过大功，顺治帝不认为我不好，封我为藩王，命令存在朝廷。现在，一个巡抚，不过是个地方官，却这样欺侮我。一旦我进了京城，被送进监狱，咱们还有活吗？!”众将气哼哼地离去，抓住巡抚就杀了。
吴三桂于是传令各地，起兵造反，自称天下都招讨兵马大元帅，改明年康熙帝十三2023年)为周元年。吴军很快由云南，出贵州，略湖南，攻四川，数月之间，数省沦陷。福建耿精忠、广东尚之信相继起兵响应。与此同时，一些同三藩有密切关系的汉族将领如广西孙延龄、陕西王辅臣也纷纷反叛。当时形势十分险恶，叛报频传，举朝震动。有些大臣心存畏惧，主张清君侧，处罚当初提议赞成撤藩的大臣以讨好吴三桂。康熙帝不同意。他下诏削夺吴三桂的官爵，公布其罪状。不久又将留居京师的三桂之子应熊、孙世霖等逮捕处死，这是斩断了与吴三桂讲和的退步，也坚定了朝中一千人等平息吴三桂叛乱的决心和信心。
以二十来岁的弱冠青年对付久经沙场的老将吴三桂，当时康熙帝很不被看好。尤其是满洲兵入关二三十年，其战斗力已经大不比从前。然而康熙帝在知己知彼的基础上，早已胸有成竹。康熙帝首先抓住主要敌人吴三桂，集中兵力，重点打击。吴三桂在三潘中首先起兵，且势力最大。所以，康熙帝将军队的主力部署在中线即湖南前线，而将次要兵力部署在左翼的浙江、福建一线，右翼的陕西、四川一线。
对三藩采取区别对待的政策：下诏停撤耿、尚二藩，以孤立吴三桂。他又宣布对散处各地的吴三桂旧部，凡不参加叛乱者，一律宽宥不究。对杀死经略莫洛的陕西提督王辅臣，也极力争取。康熙帝超越满汉之防，大胆起用汉将汉兵。张勇、赵良栋、王进宝等一干人获得了提拔和重用。康熙帝指挥平叛，运筹帷幄。他对各战场的指挥，常常先命前方将领、督抚提出意见，再命议政王大臣或九卿会议具奏。对一些重大战役的指挥，他命前线主帅绘制敌我双方军事形势图进呈，经过反复研究，决定作战方略。
三个藩王最终都被镇压了。他们失败最主要的原因是他们挑起的这场战争没有民心的支持。吴三桂是最不适宜的“反清复明”的领导者，人们认为他只是出于自己的私欲，扯虎皮做大旗。很快，叛乱者陷入了孤立。从这一点上说，康熙帝在民政上兢兢业业，与民生息，也在这场战争中给自己加了分。天下百姓并不认为在“朱明”的旗帜下会比现在有更好的日子。
战争结束后，三藩的财产全部被没收充作军饷。藩王属下的军队撤回京城，在各省、各府的军事要地派八旗兵驻防，再也不把兵权爵位及土地永远封给大臣世代相传了。于是，分封藩镇的弊端彻底解决了。而**集权的制度逐渐健全，没有疏漏了。康熙帝平定三藩之后，巩固了***的权力，将任免官吏的权力收归**；将军队编制统一，完全归**指挥；将三藩的财产没收，改善了国家财政。平定吴三桂为加强国家统一，促进经济、文化发展起了很大作用。
攻占台湾：顺治十八年(2023年)，明将郑成功驱逐荷兰殖民者，占据台湾。清朝方面将其父郑芝龙砍头，把沿海的边防往内迁移，禁止渔船、商船出海，对台湾方面采取孤立姿态。自此以后，沿海五省的商人、百姓流离失所，万里海疆一片荒凉。
康熙元年(2023年)五月，郑成功去世，他的儿子郑经继承了他的权力。康熙四年(2023年)，降将施琅、周全斌进攻台湾，无功而回。康熙八年(2023年)正月，清朝派使臣到台湾，由明珠负责。郑经拆阅了明珠给他的信，而不肯看清朝康熙皇帝的诏书。清朝使臣说：“殿下如果肯于停战让百姓安居，朝廷可以像对待朝鲜那样对待台湾，不派兵来台湾，不施行剃发易服。”
郑经说明珠的信上没提这些，双方就这一问题反复纠缠。但从此之后，双方频频互通使者，相安无事。康熙十三年(2023年)三月，郑经趁三藩之乱出兵，攻取泉州、漳州、潮州三郡地方。康熙十四年(2023年)六月，郑经派将军刘国轩等包围漳州。康熙十七年(2023年)七月，刘国轩攻占了平和、漳平，进而攻占海澄，清兵死亡三万多，马匹死亡万余匹。刘国轩的声势更大了，乘胜攻下漳平、长泰、同安，打下了南安、惠安、安溪、永春、德化等地。刘国轩亲自率兵包围漳州、泉州。清朝康亲王杰书当时驻扎在福州，带领赖塔的兵由安溪走小路到同安，解了泉州的围。刘国轩退回海澄，时时袭击漳州，相持一年多。
三藩局势见稳，康熙帝决定统一台湾，划一版图。康熙帝力排众议，作出收服台湾的决策。他一面起用原郑成功部将施琅为福建水师提督，造舰练兵，着实准备；-面派遣**进行招抚。康熙十九年(2023年)三月，清朝提督万正色督率战船由海上到达福建，会合总督姚启圣攻打海澄。姚启圣在漳州设立修来馆，用官职、银钱引诱从台湾来的人，刘国轩不得已，放弃海澄，进入厦门。他知道厦门也守不住，于是保护郑经返回台湾。
清朝将军赖塔给郑经写了一封信，大意是：台湾本来不在清朝的地图上，你们父子披荆斩棘，而且还怀念故土，本朝怎能吝惜海外弹丸之地，不听从田横那样的壮士在其间逍遥呢！如果你能停战安民，从此不再登陆，不剃发，不换衣冠，称臣进贡就可以了，不称臣不进贡也行。将台湾比成箕子的朝鲜、徐福的日本，与世无害，与人无争，而沿海一带百姓永不遭劫难，只靠先生的主意了。郑经给赖塔回了一封信，要他按所提的条件办，并想保留海澄为进行**的地方。姚启圣坚决反对，和议于是终止了。
康熙二十年(2023年)正月，郑经死了。他的儿子郑克袭位。这时，姚启圣同李光地联名给康熙皇帝上奏章，说郑氏主人小，国内乱，机不可失，时不再来。水师提督施琅熟悉海路，可以任用。于是，朝廷命令施琅率战舰300艘，水军两万，从福建出征。康熙二十二年(2023年)七月，施琅的水军刚到澎湖，郑氏便失去屏障，兵民解体，风声鹤唳，无力再战。冯锡范已经派使者来谈判投降了，施琅于是率军到台湾受降。
自郑成功起，到郑克块止，台湾奉行南明永历年号37年，至此，明朝的年号彻底没有了。除了军事上、地理上的劣势而外，更重要的是面临的形势变了。康熙皇帝统治下的中国，已不是当年清兵人关时的形势了。康熙皇帝推行一系列改革政策，恢复了社会生产，缓和了阶级矛盾和***大多数汉族人(地主和农民)对清朝已持认同态度，这时，再以反清复明的口号为旗帜，显然已失去了昔日的作用。因此，在新的历史形势前面，郑成功的孙子别无选择，在兵败之后归降，也只能如此了。
台湾统一之后，如何进行管理成为问题。有人主张“迁其人，弃其地”，就是将岛上兵民迁到陆地，而将岛上土地给西洋红毛之人。施琅认为不可弃地、迁民，上疏说：“台湾北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护。隔澎湖一大洋，水道三更--弃留之际，利害攸关。臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边疆。”康熙帝从施琅议，命在台湾设府，隶属福建省。
巩固边疆：为了巩固、发展统一的多民族国家，康熙帝先后对西北、西南边地用兵，铲除了**势力，维护了国家统一，加强了内地与边疆经济、文化的交流，有利于社会进步。
康熙帝对于西北地区噶尔丹的叛乱，进行了无情的镇压，他于康熙二十九年(1690)、三十五年(2023年)，三十六年(2023年)三次亲率大军出征西北，在各族人民的支持下，取得了乌兰布通、昭莫多等战役的重大胜利。同时，还揭露并挫败了沙皇**支持噶尔丹**势力、侵略中国的阴谋，从而加强了对西北蒙古诸部的管辖，对该地区政治、经济、文化的进步起到了很大的促进作用。康熙帝对蒙古的治策，取得了完全的成功。他说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”蒙古由明代的民族边患，变为清代的民族长城。康熙帝奠定了清代200余年的良好的边疆民族关系。
康熙帝在成功地解决了西北的问题以后，用军事、政治交互为用的手段，又成功地解决了**问题。于康熙五十七年(2023年)二月及康熙五十九年(2023年)二月，两次派兵进藏，终于消灭了***的割据势力，平息了宗教纠纷。使**六世在拉萨举行了隆重的坐床典礼，受到藏族人民的欢迎，保护了**地区人民的利益，结束了长达23年的六世真假**之争，加强了**对**的有效管辖。同时，对沙俄企图插手**的阴谋活动予以迎头痛击，粉碎了沙皇的企图。
康熙帝对西北及西南的用兵，取得了辉煌胜利，并采取了一些善后措施，为雍正、乾隆两朝进一步加强对西北地区和**地区的治理打下了坚固的基础，为清朝统一多民族国家的进一步巩固和发展，开辟了道路。
明末清初，沙俄军队人侵中国北部，侵占尼布楚(涅尔琴斯克)、雅克萨(阿尔巴津)等黑龙江广大地域。俄人抢掠当地索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔等部民的财物和妇女，无恶不作。俄罗斯连年侵扰黑龙江边境，康熙帝以此为患，派彭春等人以打猎为名，渡江侦察情势。回来后，报告罗刹可以攻打的种种原因。于是，康熙二十五年(2023年)七月，命令彭春统率水军、陆军齐头并进，攻陷了雅克萨城。图尔布青中弹而亡，**的陆军大佐伯伊顿代替他指挥。因为军队中闹传染病，想停战。康熙帝闻讯后也表示同意。通过荷兰公使杜都致书**，康熙帝愿谈判边界。**皇帝立即复信，说以前中国数次写信来，因国内没有人会汉文，所以长时间没有回复。今天已经知道了边境上的人进行挑衅的错误，请先解除雅克萨城的包围，他会立刻派使臣到边境上划界。于是，康熙帝命令彭春撤兵。
康熙二十七年(2023年)三月，派内大臣索额图、佟国维、马喇为公使，去色楞格斯克与**使臣谈判边界条约。条约共有六条：一是自黑龙江支流格尔必齐河，沿外兴安岭以至海滨，凡是外兴安岭以南的各条河流，注入黑龙江的属于中国。二是西部以额尔古纳河为界，河南属中国，河北属**。三是毁掉雅克萨城。雅克萨的居民及物资，听凭迁往**境内。四是两国猎人等不许擅自越过国界，违犯者送交有关衙门惩处。五是两国不得容留彼此的逃亡人员。六是旅行者持有官方许可证书的可以进行**，不予禁止。
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