學問之道應該冷靜，客觀，不能感情用事。但要是用哲學來指導學術研究，就會讓學術問題高度哲學化。學術問題高度哲學化會引入辯證思維模式，也會讓很多哲學思維指導學術研究，卻並不能服眾。
以感情代替科學是學者大忌，即使撇開感情因素，學者的視角、取向都很難脫離本身所處的文化土壤和全民族的歷史記憶。對待近現代史尤其如此，中國人民尤其是最敏感的知識界，在本世紀所經歷的痛苦、希望、追求、奮鬥、挫折、勝利，不可避免地鑄就了使命感，對待這一段歷史很難做到超脫於以對中華民族的得失為準繩的判斷。而哲學也是要融入到中華民族的得失判斷之中，會出現很多偏頗的問題。何況哲學流派並非只有馬克思主義，還有很多哲學家的理論流行，也都擁有一定的信徒。哲學本身沒有絕對的對與錯，也沒有絕對的高尚與卑微。學了哲學的人要視野開闊，盡可能多地接受一些哲學理論，而不能困守在乙個哲學家的思想裡面。
只是以乙個哲學家的理論作為根基，來指導學術問題，就會出現偏頗的問題。本來，乙個哲學家的思想不可能做到絕對的全面，即便是集體的智慧型結晶，也不可能概括所有的方面，更不可能成為宇宙間絕對真理。於是，很多時候，哲學成了一種相對存在的學科，卻並不是科學。而以哲學家身份自居的政治家會強力干預學術，讓學術在某種哲學思想的指導下進行，也就出現了很大的偏差。
長期以來，學術研究受到「綱」與「目」的制約，要明白什麼是「主要矛盾」，什麼是「次要矛盾」，還要明白現象與本質的區別，明白古今中外的區別，明白唯心主義與唯物主義的區別，不然，就會「誤入歧途」。即便科學家或社會學家以及歷史學家比較感性，也要學習哲學，變得理性起來，用理性指導感性。對科學研究分出階級屬性，本身就是可笑的，即便對科學家分出階級，也是幼稚可笑的。世界上不是只有階級鬥爭，而是有科學，有脫離哲學獨立研究的實驗，有獨自記錄的歷史，而不能把所有科學研究和歷史記錄都納入到哲學範疇。
要用哲學統攝各種學科，還要指導學術問題，就會讓哲學變成了坐享其成的學科，也變成了盲目自大的學科。不搞具體的科學研究，卻要對科學研究進行概括、分析，歸納，總結，是不是太過於理想化了？其實，哲學都是「馬後炮」，並不能完全概括科學。哲學所謂的概念和定義並不適用於所有的環境，對於巨集觀環境是對的，而對於量子領域卻是錯的。但哲學很快就會修正概念和定義，變得圓滑起來，卻總是無法追趕科學技術的腳步。有人說，只要在人類生活的層次上用哲學指導就行了，沒必要深究量子領域。其實，這種說法只是井底之蛙的看法，並不是真正的智慧型。哲學需要存在於各個物質層次，也需要人們了解一些概念和定義，更需要實證精神。
事實上中國的史學並非沒有實證主義傳統，也不需要哲學作指導。乾嘉學派比美國的實證主義有過之而無不及。胡適深受乾嘉學派和美國實證主義的影響，注重「多研究些問題」，「少談些主義」。只不過，實證主義傳統很快就失之於繁瑣，糾纏細枝末節，受到學術界的批判。後來又走向另外乙個極端，就是把一些學術高度哲學化，其實就是高度政治化，以階級鬥爭為綱，強迫歷史為不斷變化的現實服務，嚴重妨礙了客觀的重史料的研究。農民起義被提倡和某種哲學觀念有關係，也和某種階級分析法有關係。在古代歷史上，不能成功的農民起義都被汙衊為盜匪所為，被汙名化，卻走向了乙個極端。到了現在，不成功的農民起義有了正義的屬性，屬於正確的，轟轟烈烈的，而不是被汙名化的運動。其實，已經走向了另外乙個極端，也不可靠。這樣的評價已經失去了客觀標準，連哲學的指導意義都不存在了，就更別提什麼歷史唯物主義了。
歷史本來有自己的執行規律，「不為堯存，不為桀亡。」強行植入某種哲學觀念，而且還是植入片面的哲學觀念，就會讓歷史變成「任人打扮的小姑娘」，失去了本來面目。其他的社會學研究，文學研究也是如此，大多被植入了某種哲學思想，看似比較正統，其實很偏激，甚至漏掉了很多精彩的內容。尤其是一些對義和團以及太平天國「神化話」的研究，以及一些只取正面而不取負面的研究，本身就是對歷史的一種褻瀆，並不是真正的研究。而某種哲學思想也在這個時候成了偏激的思想，只會注重主流意識形態的價值取向，卻罔顧事實……
學術問題高度哲學化其實就是學術被某種哲學思想滲透了，科學被改造了的哲學強迫了，當然就不會出現好的學術著作了，至於大師，就更別提了。
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